Assemblage des ESTs

L'assemblage des ESTs et le clustering ont été réalisés par analyse en pipeline après nettoyage et masquage des répétitions, vecteurs et organelles (EGassembler). Les paramètres de Cap3 étant -p 95 -o 40.

Un jeu d'unigènes comprenant 9 598 contigs et 26 161 singulets a été obtenu.

Téléchargements :

• ESTs de Nicotiana tabacum disponibles dans Genbank (02/05/06) au format FASTA (13,4Mo),

• Détails des Contigs obtenus avec ces ESTs au format txt (564Ko),

• Jeu d'unigène au format FASTA (7,30Mo).

Annotations BlastX et GO

Des annotations BlastX et GO avec un eValue < 1e^-25 ont été obtenues avec Blast2GO.

Téléchargement :

• Annotations au format MS Excel (1,12Mo).

Domaines Pfam

Les unigènes ont été traduits avec ORFpredictor, et les séquences d'acides aminés ont fait l'objet d'une recherche dans la base de données Pfam. Les paramètres par défaut de Pfam 20.0 ont été utilisés.

Téléchargement :

• ORFs au format FASTA (2,38Mo),

• Domaines Pfam au format MS Excel (488Ko).

Les archives doivent être décompressées à l'aide de WinRAR.

Des analyses portant sur l'ensemble des séquences de Nicotiana tabacum déposées dans Genbank sont disponibles sur TIGR, SGN et PlantGDB, ainsi que des annotations relatives à ce dernier set d'unigènes.

Une analyse des facteurs de transcription est disponible sur TOBFAC.